こんにちは、玉舟です。
N.HASIさん、
>Firefox 1.0 について質問があります。
>Webを閲覧すると、サイトのアイコンがブックマークに自動的に
>登録されて表示されるようになりました。
>ブックマークにアイコンの表示や登録されない方法がありましたら
>教えていただきたいです。よろしくお願い致します。

方法は２つあります。
その１の方法
N.HASIさんは Profiles 以下のディレクトリ内に user.js ファイルを
作成することができますね。 そこへ

/* favicon の無効化 */
user_pref("browser.chrome.site_icons", false);
user_pref("browser.chrome.favicons", false);

と記述して保存します。Firefox を起動して確認してください。

２つ目の方法は
URLバーに about:config と入力して Enter キーを押します。
フィルタ欄に icon と入力します。
表示された browser.chrome.favicons と
browser.chrome.site_iconss をダブルクリックして Value欄が
それぞれ false になったことを確認後、Firefox を再起動します。

以上です。